Thunderbird doppelt installieren

Nur, wie bekomme ich jetzt die Mailkonten und Mails \”meiner\” folder aus dem default raus und in das Portable Verzeichnis rein?

Du meinst die Mailordner und die Mails oder auch die Kontoeinstellungen?
Für das erstere gibt du ja schon selbst die richtige Antwort.
Alle Inbox-Dateien (das sind die ohne Endung wie trash, sent, inbox usw.) ohne die entspr. *.msf Dateien z.B. in deinen Local Folders kopieren. Lösche dort noch alle evtl. *.msf.
wenn du jetzt deine portable öffnest, müssten sich im lokalen Ordner alle Ordner mit Mails befinden.
Oder du richtest vorher die alten Konten ein und kopierst dann selektiert die alten Mbox Dateien dorthinein, so ersparst du dir später das Sortieren.
Du kannst auch das Add-on ImportExportTools dafür nehmen.