Das Programm bietet einen intelligenten lernfähigen Junk-Filter, der Ihre ankommenden Nachrichten analysiert und auf Wunsch automatisch aussortiert. Thunderbird bietet Sicherheitsfeatures wie S/MIME, Digitale Unterschrift, Nachrichten-Verschlüsselung (mit Hilfe der Erweiterung Enigmail), Unterstützung von Zertifikaten und mehr. HTML-Nachrichten können formatiert aber auch ohne HTML-Code angezeigt werden, sodass man das Ausführen von gefährlichem Code vermeiden kann.