Ich kann Dir nicht genau folgen, was Dein Problem ist, aber Du solltest wissen, dass Thunderbird seine Mails im sogenannten mbox Format (aus UNIX-Zeiten) abspeichert und dies einfache Reintext Dateien sind. Gehe doch mal bei geschlossendem Thunderbird in Dein Profil (irgendwo unter Dokumente und Einstellungen\\Benutzername\\Anwendungsdaten\\Thunderbird\\…\\Mail\\Local Folders\\) dort gibt es die Datei Inbox (ohne Endung), die Du mit einem Texteditor öffnen kannst. Sieh nach, ob Du vermisste E-Mails darin findest, dann stehen Deine Chancen gut, die Mails wieder restaurieren zu können.
Aber bevor Du daran herumdoktorst solltest Du Dich wirklich (wirklich!) nochmal vorher schlau gemacht haben, was es so zu tun gilt, etc. Also frag hier nochmal nach, oder in der de.comm.software.mozilla-mailnews Newsgroup oder auf den Hilfeseiten von Holger Metzger (-> Google).
Martin