Lies dieses und beachte die verschiedenen Speicherordner des TB Anwendungsordners:
11 Profile
FAQ:Migration mit Thunderbird
Oder anders:
Nach der Installation von TB so tun als wolle man ein Konto erstellen, dann abbrechen und TB schließen und lösche den Inhalt dieses Profils (8-stelliger Zeichensalat gefolgt von einem Punkt und danach meistens default).
Den Inhalt des alten Profils in das neues jetzt leere einkopieren.
Benutzt du aber TB 3 und vorher TB 2, wird das Ergebnis nicht so berauschend sein.
In diesem Fall sollte man ein frisches Profil nehmen, dort die Konten einrichten evtl auch die kompatiblen Add-ons und mit dem Add-on ImportExportTools Mails und Adressbücher importieren.
Das ist eine saubere, wenn auch zeitaufwendige sache.